"เป็นหน่วยงานหลักในการประสาน และผลักดันยุทธศาสตร์กระทรวง 8 สน. "เป็นหน่วยงานหลักในการประสาน และผลักดันยุทธศาสตร์กระทรวง สู่การปฏิบัติและมีผลสัมฤทธิ์"
7 ฝ่าย อำนวยการกลาง ส่วน พัฒนายุทธศาสตร์ ส่วน แผนงาน ส่วนติดตามและประเมินผล กลุ่มงาน กำลังคน กลุ่มงานติดตามประเมินผล วท. งานบริหารทั่วไป กลุ่มงานยุทธศาสตร์ วท. กลุ่มงาน ประสานแผนงาน งานงบประมาณ และพัสดุ กลุ่มงาน ยุทธศาสตร์ สป. กลุ่มงานแผนงานและงบประมาณ วท. กลุ่มงานติดตามประเมินผล สป. กลุ่มงานแผนงานและงบประมาณ สป. โครงสร้างการแบ่งงานภายใน สำนักนโยบายและยุทธศาสตร์ กลุ่มงานประสาน ครม. และรัฐสภา
9 ภารกิจ : ศึกษา วิเคราะห์ กลั่นกรอง ให้ข้อเสนอแนะเกี่ยวกับนโยบาย มาตรการ กลยุทธ์ด้าน ว. และ ท. และจัดทำยุทธศาสตร์และแผนของกระทรวง และ สป. จัดทำแผนงาน โครงการ งบประมาณของกระทรวงและ สป. รวมทั้งการ ประสานกับหน่วยงานในสังกัดกระทรวง และ สป. ส่งเสริมและสนับสนุนให้เกิดความร่วมมือในการพัฒนากำลังคนและนักวิชาชีพ ด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ติดตามประเมินผลและจัดทำรายงานผลการปฏิบัติงานของกระทรวงและ สป. ศึกษา วิเคราะห์ และประสานเรื่องเข้าสู่คณะรัฐมนตรีและรัฐสภา ประสานความร่วมมือกับหน่วยงานต่าง ๆ ทั้งภาครัฐ ภาคเอกชน และภาคประชาชน สนับสนุนและปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
สำนักงานปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ปลัดกระทรวง 5 สำนักงานปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ปลัดกระทรวง รองปลัดกระทรวง สำนักงานรัฐมนตรี ที่ปรึกษาด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ผู้ตรวจราชการกระทรวง กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร กลุ่มตรวจสอบภายในระดับกระทรวง สำนักงานที่ปรึกษาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ประจำสถานเอกอัครราชทูต หน่วยตรวจสอบภายใน กรุงวอชิงตัน กรุงบรัสเซลล์ สำนักผู้ประสานงานคณะรัฐมนตรีและรัฐสภา สำนักบริหารกลาง ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร สำนักนโยบายและยุทธศาสตร์ สำนักส่งเสริมและถ่ายทอดเทคโนโลยี สำนักความร่วมมือระหว่างประเทศและวิเทศสัมพันธ์ หน่วยงานที่จัดตั้งเป็นส่วนราชการภายใน
"เป็นองค์การนำในการบริหาร จัดการ และอำนวยการ เพื่อพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี" ภารกิจ : สำนักงานปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์ฯ เสนอแนะนโยบาย ประสาน และจัดทำยุทธศาสตร์และแผนปฏิบัติการของกระทรวง ส่งเสริม สนับสนุน เร่งรัด และผลักดันการพัฒนากำลังคน การถ่ายทอดเทคโนโลยี การวิจัยและพัฒนาโครงสร้างพื้นฐาน รวมทั้งการสร้างความตระหนักด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี กำกับ เร่งรัด ติดตาม และประเมินผลการปฏิบัติงานของหน่วยงานในสังกัดของกระทรวง รวมทั้งการสร้างพื้นฐานระบบการบริหารจัดการที่ดี จัดสรรและบริหารทรัพยากรของกระทรวงให้เกิดความประหยัด คุ้มค่า รวมทั้งพัฒนาปรับปรุงกฎหมายที่เกี่ยวข้องให้ทันสมัย พัฒนาระบบเทคโนโลยีสารสนเทศ เพื่อใช้ในการบริหารและการบริการของหน่วยงานในสังกัด และเป็นศูนย์ข้อมูลด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี กำหนดทิศทางและแนวทางความร่วมมือระหว่างประเทศ ในกรอบภารกิจของกระทรวง
กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (วท.) สำนักงานรัฐมนตรี (สร.) สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยีแห่งชาติ (พว.) สำนักงานพัฒนาเทคโนโลยี อวกาศและภูมิสารสนเทศ (สทอภ.) สำนักงาน ปลัดกระทรวง (สป.) สถาบันมาตรวิทยา แห่งชาติ (มว.) สถาบันเทคโนโลยีนิวเคลียร์ แห่งชาติ (สทน.) กรมวิทยาศาสตร์ บริการ (วศ.) สำนักงานคณะกรรมการ นโยบายวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและ นวัตกรรมแห่งชาติ (สวทน.) สถาบันวิจัยแสงซินโครตรอน (สซ.) สถาบันปฏิบัติการ วิทยาศาสตร์แห่งชาติ สถาบันวิจัยดาราศาสตร์ แห่งชาติ (สดร.) สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์และ เทคโนโลยีแห่งประเทศไทย (วว.) สำนักงาน ปรมาณูเพื่อสันติ (ปส.) สถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำ และการเกษตร (สสนก.) องค์การพิพิธภัณฑ์ วิทยาศาสตร์แห่งชาติ (อพ.) ส่วนราชการ หน่วยงานในกำกับ รัฐวิสาหกิจ องค์การมหาชน สำนักงานนวัตกรรมแห่งชาติ (นว.) อยู่ในระหว่างยกฐานะเป็นองค์การมหาชน หมายเหตุ : โครงสร้างองค์กร ณ มกราคม 2552 สำนักนโยบายและยุทธศาสตร์ สำนักงานปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์ฯ
ภารกิจ : กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เป็นองค์กรหลักในการพัฒนาวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรม เพื่อสร้างปัญญาในสังคม ใช้สนับสนุนเศรษฐกิจพอเพียง และสร้างความสามารถของประเทศอย่างยั่งยืน ภารกิจ : กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เสนอแนะนโยบาย จัดทำยุทธศาสตร์และแผนด้านวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรม ริเริ่ม เร่งรัด ผลักดันการวิจัยและพัฒนา เพื่อสร้างองค์ความรู้ และสร้างผลกระทบเชิงเศรษฐกิจและสังคม รวมทั้งพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานด้านวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และนวัตกรรม 3. ร่วมมือกับหน่วยงานต่างๆ สร้างคนดีและเก่งในทุกระดับ รวมทั้งสร้างความตระหนักด้านวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรม ให้แพร่หลายและเป็นที่ยอมรับ 4. สร้างระบบสนับสนุนวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรมอย่างมีประสิทธิภาพเพื่อสามารถสร้างปัญญา เข้าถึงความรู้ใหม่ๆ และนำภูมิปัญญาดั้งเดิมของไทยมาใช้ผสมผสานกันได้ 5. สนับสนุนให้มีการถ่ายทอดเทคโนโลยี และสร้างนวัตกรรมให้แก่ภาคการผลิตและบริการ รวมทั้งบริการสังคมด้วยวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี เพื่อเพิ่มผลิตภาพทางเศรษฐกิจ และคุณภาพชีวิตของประชาชน