ประวัติความเป็นมา ตามคำสั่งกรมชลประทานที่ ๔๙๐/๒๕๔๕ สั่ง ณ วันที่ ๑๑ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๔๕ เรื่อง การแบ่งงานและการกำหนดหน้าที่ความรับผิดชอบภายในสำนักและกอง ตามพระราชกฤษฎีกาโอนกิจการบริหาร และอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการ ให้เป็นไปตาม พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ.๒๕๔๕ และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ กรมชลประทาน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. ๒๕๔๕ และคำสั่งกรมชลประทานที่ ข.๑๕๓/๒๕๔๖ สั่ง ณ วันที่ ๗ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๖ เรื่อง การแบ่งงานและการกำหนดหน้าที่ความรับผิดชอบภายในสำนักและกอง สำนักเครื่องจักรกลได้แบ่งงานออกเป็น ๔ ฝ่าย ๔ ส่วน และ ๗ ศูนย์ปฏิบัติการเครื่องจักรกล ซึ่งศูนย์ปฏิบัติการได้มีสถานที่ตั้งแยกไปตามภูมิภาคต่าง ๆ โดยศูนย์ปฏิบัติการเครื่องจักรกลที่ ๕ มีสถานที่ตั้งอยู่ที่ ๗๗/๘๒ หมู่ ๒ ต.หันตรา อ.พระนครศรีอยุธยา จ. พระนครศรีอยุธยา
ศูนย์ปฏิบัติการเครื่องจักรกลที่ ๕ ประกอบด้วย ๖ ฝ่าย ๑. ฝ่ายวิศวกรรมบริหาร ๒. ฝ่ายรถขุด ๓. ฝ่ายเรือขุดและเรือกำจัดวัชพืช ๔. ฝ่ายรถแทรกเตอร์ ๕. ฝ่ายเครื่องจักรกลสูบน้ำ ๖. ฝ่ายซ่อมบำรุง
โครงสร้างองค์กร ผศป.ที่ ๕ ฝว.คก.๕ ฝข.คก. ๕ ฝร.คก.๕ ฝท.คก.๕ ฝน.คก.๕ ฝซ.คก.๕ คม.ศป.๕ คม.รถ.๕ คม.รข.๕ คม.รต.๕ คม.คส.๕ คม.ซบ.๕ บท.ศป.๕ ปก.รถ.๕.๑ ปก.รข.๕.๑ ปก.รต.๕.๑ ปก.คส.๕.๑ ซบ.คก.๕.๑ พด.ศป.๕ ปก.รถ.๕.๒ ปก.รข.๕.๒ ปก.รต.๕.๒ ปก.คส.๕.๒ ซบ.คก.๕.๒ งป.ศป.๕ ปก.รถ.๕.๓ ปก.รข.๕.๓ ปก.รต.๕.๓ ปก.คส.๕.๓ ซบ.คก.๕.๓ ซบ.คก.๕.๔
นายเอนก ก้านสังวอน ผู้อำนวยการศูนย์ปฏิบัติการเครื่องจักรกลที่ ๕ นายช่างเครื่องกลอาวุโส ตำแหน่งเลขที่ ๑๐๙๗
นายวุฒามาตย์ นาควิเชตร์ หัวหน้าฝ่ายวิศวกรรมบริหารที่ ๕ วิศวกรเครื่องกลชำนาญการพิเศษ ตำแหน่งเลขที่ ๑๐๙๘
นายไพฑูรย์ เพ็งพูล วิศวกรเครื่องกลชำนาญการพิเศษ ตำแหน่งเลขที่ ๙๔๐
นายวรเทพ พิพัฒน์อนุสรณ์ หัวหน้าฝ่ายรถขุดที่ ๕ นายช่างเครื่องกลอาวุโส ตำแหน่งเลขที่ ๑๑๐๔
นายศุภชัย สุขาบูรณ์ หัวหน้าฝ่ายเรือขุดและเรือกำจัดวัชพืชที่ ๕ นายช่างเครื่องกลอาวุโส ตำแหน่งเลขที่ ๑๑๑๔
นายสมชาย โพธิสว่าง หัวหน้าฝ่ายรถแทรกเตอร์ที่ ๕ นายช่างเครื่องกลอาวุโส ตำแหน่งเลขที่ ๑๑๐๙
นายสมศักดิ์ ชาญวงษ์ หัวหน้าฝ่ายเครื่องจักรกลสูบน้ำที่ ๕ นายช่างเครื่องกลอาวุโส ตำแหน่งเลขที่ ๑๑๒๒
นายศิริศักดิ์ พยัคฆ์ทอง หัวหน้าฝ่ายซ่อมบำรุงที่ ๕ นายช่างเครื่องกลอาวุโส ตำแหน่งเลขที่ ๑๑๒๘
สรุปอัตรากำลัง ข้าราชการระดับอาวุโส จำนวน ๖ คน ข้าราชการระดับวิศวกรเครื่องกลชำนาญการพิเศษ จำนวน ๒ คน ข้าราชการระดับชำนาญงาน จำนวน ๑๖ คน ข้าราชการระดับปฏิบัติงาน จำนวน ๒ คน ลูกจ้างประจำ จำนวน ๓๒๕ คน พนักงานราชการ จำนวน ๔๑๔ คน รวมเจ้าหน้าที่ ๗๖๕ คน ลูกจ้างชั่วคราวปีงบประมาณ ๒๕๕๗ จำนวน ๒๐๙ คน รวมเจ้าหน้าที่ทั้งหมด ๙๗๔ คน
พื้นที่ดำเนินการการในเขตสำนักงานชลประทาน โครงการชลประทาน จังหวัด โครงการส่งน้ำและ บำรุงรักษา โครงการ ก่อสร้าง สชป.๙ สชป.๑๐ สชป.๑๒ ๘ ๔ ๕ ๖ ๑๐ ๑๒ ๑
พื้นที่ดำเนินการในเขตสำนักพัฒนาแหล่งน้ำ ขนาดใหญ่ ขนาดกลาง ๑.สำนักงานก่อสร้าง ๔ (โครงการป่าสัก) จ.ลพบุรี ๒. สำนักงานก่อสร้าง ๕ (โครงการท่าด่าน) จ.นครนายก ๓. สำนักงานก่อสร้าง ๖ (โครงการประแสร์)จ.ระยอง ๔. สำนักงานก่อสร้าง ๗ (โครงการห้วยโสมงอันเนื่องมาจากพระราชดำริ) จ.ปราจีนบุรี ๕. สำนักงานก่อสร้าง ๘ (โครงการอ่างเก็บน้ำคลองหลวง) จ.ชลบุรี ๖. สำนักงานก่อสร้าง ๙ (โครงการบรรเทาอุทกภัยเมืองจันทบุรี) จ.จันทบุรี ๑.สำนักงานก่อสร้าง ๙ ๒.สำนักงานก่อสร้าง ๑๐ ๓.สำนักงานก่อสร้าง ๑๒