4.6 การคำนวณต้นทุนของส่วนราชการ วัตถุประสงค์ ส่วนราชการสามารถคำนวณต้นทุนได้อย่างถูกต้อง เหมาะสม เป็นมาตรฐานเดียวกัน เปรียบเทียบต้นทุนกันได้ในระหว่างหน่วยงาน และ ส่วนราชการ ผลการคำนวณต้นทุนไปใช้ในการวางแผนการ ทำงานได้อย่างมีประสิทธิภาพและเกิดความคุ้มค่า นำข้อมูลจากระบบ GFMIS ซึ่งได้มีการสะสม ค่าใช้จ่ายไว้ตามศูนย์ต้นทุนและกิจกรรมแล้ว นั้น มา ใช้ในการคำนวณต้นทุนผลผลิตและต้นทุนกิจกรรม
ตามพระราชกฤษฎีกา “หลักเกณฑ์และวิธีการ บริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี พ. ศ. 2546” มาตรา 21 กำหนดให้ 1.ส่วนราชการจัดทำบัญชีต้นทุนในงานบริการ สาธารณะแต่ละประเภทขึ้นตามหลักเกณฑ์และ วิธีการที่กรมบัญชีกลางกำหนด 2.รายงานผลการคำนวณรายจ่ายต่อหน่วยงาน บริการสาธารณะที่อยู่ในความรับผิดชอบให้สำนัก งบประมาณ กรมบัญชีกลาง และสำนักงาน ก.พ.ร. ทราบ 4.6 การคำนวณต้นทุนของส่วนราชการ
ผลการคำนวณต้นทุนผลผลิตจะต้อง รายงานในรายงานต่าง ๆ ที่ส่วนราชการ ต้องจัดทำ เช่น - รายงานผลการดำเนินงานต่อ สาธารณะรายปี - รายงานการประเมินความคุ้มค่าการ ปฏิบัติภารกิจของรัฐ 4.6 การคำนวณต้นทุนของส่วนราชการ
สำหรับส่วนราชการที่ลงนามคำรับรอง การปฏิบัติราชการ ปีงบประมาณ2549 ใน เรื่อง ระดับความสำเร็จของการจัดทำต้นทุน ต่อหน่วยผลผลิต ในมิติด้านประสิทธิภาพ ของการปฏิบัติราชการ ให้ -ส่วนราชการต้องสามารถคำนวณต้นทุน ส่วนราชการได้ -ต้องนำเอาผลการคำนวณต้นทุนมา เปรียบเทียบ วิเคราะห์ และจัดทำแผนการ เพิ่มประสิทธิภาพได้ 4.6 การคำนวณต้นทุนของส่วนราชการ