โครงสร้างสำนักอุทกวิทยาและบริหารน้ำ ฝ่ายบริหารทั่วไป ส่วนบริหารจัดการน้ำ ส่วนอุทกวิทยา ส่วนปรับปรุงบำรุงรักษา ส่วนความปลอดภัยเขื่อน ส่วนการใช้น้ำชลประทาน ศูนย์อุทกวิทยาและบริหารน้ำภาค 8 ศูนย์
โครงสร้างส่วนอุทกวิทยา กลุ่มงานวิจัยและอุทกวิทยาประยุกต์ ข้าราชการ 9 คน ลูกจ้างประจำ 1 คน ส่วนอุทกวิทยา ข้าราชการ 42 คน ลูกจ้างประจำ 25 คน และ พ.ราชการ 1 คน กลุ่มงานตะกอนและคุณภาพน้ำ ลูกจ้างประจำ 2 คน กลุ่มงานสารสนเทศและพยากรณ์น้ำ ข้าราชการ 18 คน ประจำ 8/ พ.ราชการ 1 คน กลุ่มงานมาตรฐานเครื่องมือ ข้าราชการ 4 คน ลูกจ้างประจำ 12 คน แบ่งความรับผิดชอบตามพื้นที่ของศูนย์ ครอบคลุมทั้ง 25 ลุ่มน้ำ
หน้าที่ความรับผิดชอบของส่วนอุทกวิทยา วิเคราะห์ประมวลผลข้อมูลอุทกวิทยาและอุตุ-อุทกวิทยา ศึกษา ค้นคว้า วิจัย สถิติข้อมูลในแหล่งน้ำธรรมชาติและโครงการชลประทาน หาข้อกำหนด กฎเกณฑ์การเกิด ดับ ผันแปร เคลื่อนที่ หมุนเวียนของน้ำฝนน้ำท่า ให้คำปรึกษา แนะนำ ในการนำไปประยุกต์ เผยแพร่วิชาการอุทกวิทยา
หน้าที่ความรับผิดชอบของกลุ่มงานวิจัยและ อุทกวิทยาประยุกต์ หน้าที่ความรับผิดชอบของกลุ่มงานวิจัยและ อุทกวิทยาประยุกต์ ศึกษา ค้นคว้า วิจัย หาข้อกำหนด กฎเกณฑ์ทางอุทกวิทยาเพื่อนำไปประยุกต์ใช้กับการออกแบบ การพัฒนาและการจัดการน้ำ พัฒนาเทคนิค วิธีการ วิเคราะห์ วิจัยให้ทันสมัย เหมาะสมกับลักษณะทางกายภาพของแต่ละลุ่มน้ำ ออกแบบเชิงอุทกวิทยาของโครงการพัฒนาแหล่งน้ำ ให้คำปรึกษา แนะนำ ในการนำไปประยุกต์
หน้าที่ความรับผิดชอบของกลุ่มงานตะกอนและ คุณภาพน้ำ หน้าที่ความรับผิดชอบของกลุ่มงานตะกอนและ คุณภาพน้ำ ศึกษา ค้นคว้า วิจัย การกัดเซาะกัดพา การตกทับถมของตะกอนในลำน้ำ และอ่างเก็บน้ำ ศึกษา ค้นคว้า วิจัย คุณภาพน้ำและดินของแหล่งน้ำ ออกแบบเชิงอุทกวิทยาของโครงการพัฒนาแหล่งน้ำ ให้คำปรึกษา แนะนำ ในการนำไปประยุกต์
หน้าที่ความรับผิดชอบของกลุ่มงานสารสนเทศและ พยากรณ์น้ำ หน้าที่ความรับผิดชอบของกลุ่มงานสารสนเทศและ พยากรณ์น้ำ รวบรวมและประมวลผล สถิติข้อมูลอุตุ-อุทกวิทยาให้เป็นรูปแบบมาตรฐานมีความถูกต้อง แล้วทำเป็นฐานข้อมูลพร้อมที่จะเผยแพร่ ศึกษา ค้นคว้า วิจัย และพัฒนารูปแบบการพยากรณ์น้ำ ให้มีความถูกต้องแม่นยำ ศึกษาและให้ข้อเสนอแนะแนวทางป้องกันอุทกภัยของแต่ละลุ่มน้ำแล้วเผยแพร่ เพื่อแจ้งเตือน
หน้าที่ความรับผิดชอบของกลุ่มงานมาตรฐาน เครื่องมือ วางแผนควบคุมการกำหนดมาตรฐานตรวจสอบคุณภาพ จัดทำอุปกรณ์ติดตั้ง ซ่อมแซม บำรุงรักษา จัดทำอุปกรณ์ติดตั้ง ซ่อมแซม บำรุงรักษา สอบเทียบมาตรฐานเครื่องมือสำรวจทางอุทกวิทยา