การเคลื่อนที่ของพวกโพรติสต์ โพรติสต์ เป็นสิ่งมีชีวิตขนาดเล็ก ยังไม่มีระบบเนื้อเยื่อ ดังนั้นจึงไม่มีทั้งกล้ามเนื้อและกระดูก อย่างไรก็ตามโพรติสต์สามารถมีการเคลื่อนไหวได้หลายลักษณะ คือ 1. การเคลื่อนที่โดยอาศัยการไหลของไซโทพลาซึม (Cytophasmic flow) พบในการเคลื่อนที่แบบอะมีบอยด์ (amoeboid movement) ในเซลล์ของอะมีบา จะพบว่าไซโทพลาซึม แบ่งออกเป็น 2 ชั้น ชั้นนอกค่อนข้างแข็งตัว เรียก เอ็กโทพลาซึม (ectoplasm) มีสภาพเป็นเจล (gel) ส่วนชั้นในมีสภาพเป็นของเหลวมากกว่าและไหลได้มากกว่า เรียกว่า เอนโดพลาซึม (endoplasm) โดยรอบนอกค่อนข้างแข็ง (gel) แต่ชั้นในมีสภาพเป็นของเหลวเรียกว่า โซล (sol)

ในไซโทรพลาซึมของอะมีบามีไมโครฟิลาเมนต์ (microfilament) มากมาย ซึ่งประกอบด้วยเส้นใยโปรตีนพวกแอกติก (actin) เมื่อ แอกติกเลื่อนก็จะทำให้เอนโดพลาซึมไหลในเซลล์ได้ เมื่อเอนโดพลาซึมไหลไปทางตอนปลายของเซลล์ในทิศที่จะเคลื่อนที่ไปจะดันเยื่อหุ้มเซลล์ให้โป่งออกมาเป็นซูโดโปเดียว (Pseudopodium) ต่อจากนั้น ไซโทพลาซึมที่เหลือจะเคลื่อนที่ตามมาในทิศทางเดียวกับซูโดโปเดียม ทำให้อะมีบาเคลื่อนที่ไปได้ เรียกการเคลื่อนไหวแบบนี้ว่า การเคลื่อนที่แบบอะมีบา หรือแบบอะมีบอยด์ (ameeboid movement) การเคลื่อนที่แบบนี้พบในเซลล์เม็ดเลือดขาวด้วย

2. การเคลื่อนที่โดยใช้ซิเลียและแฟลเจลลัม (Cilia and Flagellum movement)  การเคลื่อนที่โดยใช้ซิเลีย และแฟลเจลลัม พบว่าสิ่งมีชีวิตหลายชนิดมีโครงสร้างเล็กๆ เรียกว่า ซิเลีย หรือแฟลเจลลัม ยื่นออกมาจากเซลล์เพื่อใช้ในการเคลื่อนที่ ซิเลียมีขนาดสั้นกว่า แต่มีจำนวนมากมายมองดูคล้ายขน  ในขณะที่แฟลเจลลัมมีขนาดยาวกว่าและมีจำนวนน้อยกว่ามาก แต่โครงสร้างทั้งสองก็มีส่วนประกอบพื้นฐานอย่างเดียวกัน คือ ประกอบด้วยหลอดโปรตีนไมโครทูบูล (microtubules) 2 หลอด ไม่ติดกัน เป็นแกนอยู่ตรงกลางของหลอด ล้อมรอบด้วยไมโครทูบูลที่ติดกันเป็นคู่ๆ อีก 9 คู่ (9 + 2)

 โดยมีเยื่อบางๆ หุ้มอีกชั้นหนึ่งเยื่อนี้จะติดต่อเป็นเยื่อเดียวกับ เยื่อหุ้มเซลล์ โคนของซิเลียและแฟลเจลลัมแต่ละอันจะอยู่ลึกลงไปในเยื่อหุ้มเซลล์ เรียกส่วนนี้ว่า เบซัลบอดี (basal body) หรือไคนีโทโซม (kinetosome) (ดังรูป) บริเวณเบซัลบอดี จะไม่มีไมโครทูบูลคู่ที่อยู่ตรงกลาง แต่มีไมโครทูบูล เรียงเป็นกลุ่ม 9 กลุ่ม กลุ่มละ 3 หลอด จึงมีรหัสโครงสร้างเป็น 9 + 0 หน้าที่ของเบซัลบอดี คือควบคุม การโบกพัดของซิเลียและแฟลเจลลัม  ไมโครทูบูล ประกอบด้วยโมเลกุลโปรตีน ทูบูลิน (Tubulin) เรียงตัวต่อกันเป็นสายยาวและแต่ละหลอดไมโครทูบูล ประกอบด้วย สายยาวของโปรตีนทูบูลิน จำนวน 13 สายเพื่อประกอบกันเป็นผนังของหลอด

 ระหว่างไมโครทูบูลที่เรียงเป็นวง จะมีโปรตีน ไดนีน (dynein) เป็นเสมือนแขนที่เกาะกับไมโครทูบูล เรียกว่า ไดนีน อาร์ม (dynein arm) ทำให้ซีเลียและแฟลเจลลัม โค้งงอและพัดโบกได้  ในการที่จะอธิบายกลไกการเคลื่อนไหวของซีเลียและ แฟลเจลลัม ยังไม่มีทฤษฎีใด อธิบายได้แจ่มชัดนัก ทฤษฎีที่เชื่อกันมากคือเมื่อสิ่งเร้ากระตุ้นผ่านเบซัลบอดีแล้วจะถูกส่งขึ้นไปตามไมโครทูบูล

ค. ภาพแสดงโครงสร้างตัดขวางของเบซัลบอดี ซีเลียและแฟลเจลลัม “ 9+2 ” เบซัลบอดี “ 9+0 ” ก. ข. ค. ก. การเรียงไมโครทูบูลในซีเลียและแฟลเจลลัมตัดตามขวางของโพรโทซัวชนิดหนึ่ง ข. แผนภาพแสดงภาคตัดขวางของการจัดเรียงตัวของไมโครทูบูลของซีเลียและแฟลเจลลัม ค. ภาพแสดงโครงสร้างตัดขวางของเบซัลบอดี