กำเนิดเซลล์โปรคาริโอต ลักษณะที่สำคัญ ไม่มีนิวเคลียส ไมโตคอนเดรีย คลอโรพลาสต์ กิจกรรมภายในเซลล์เป็นแบบง่ายๆ ประกอบด้วยแบคทีเรีย ส่าหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงิน
สมมุติฐาน เซลล์เริ่มแรกไม่ใช้ออกซิเจน ดำรงชีวิตโดยการใช้อาหารภายนอกเซลล์ พบวากที่คล้ายแบคทีเรียในหินควอทซ์ เรียกว่า หินปลิ้น หรือ เซิร์ต (Flint or Cherts) มีอายุประมาณ 3,500 ปี หรือหินชุด Warranoona ในออสเตรเลีย สโตรมาโตไลท์ (Stromatolite) ไซยาโนแบคทีเรีย จะสร้างสารที่เหนียวและตะกอนสะสมในรูปหินปูน
วิวัฒนาการของเซลล์ยูคาริโอต ลักษณะที่สำคัญ ประกอบด้วย โปรติสตา (Protista) ฟังไจ (Fungi) พืช (Plant) และสัตว์ (Animal) มีโครงสร้างพื้นฐานของเซลล์คล้ายๆ กัน
สมมุติฐาน Independent theory - แยกจากโปรคาริโอต ตั้งแต่ต้น - แยกจากโปรคาริโอต ตั้งแต่ต้น - ไม่เป็นที่ยอมรับในปัจจุบัน เพราะทั้งโปรคาริโอตและยูคาริโอตมีขบวนการเมตาบอลิซึมที่เหมือนกัน - ไม่พบตัวอย่างของยูคาริโอต ที่มีอายุมาก
2. Classical theory ยูคาริโอต เกิดจาก โปรคาริโอต โดยค่อยๆเปลี่ยนแปลงเป็นยูคาริโอต เกิดจากมิวเตชั่นที่เป็นประโยชน์ 3. Symbiotic theory ยูคาริโอต เกิดจากโปรคาริโอตเข้าไปอาศัยในโปรคาริโอตขนาดใหญ่ เกิดขึ้นแบบทันทีทันใด
เสนอโดย Lynn Margulis - ไมโตคอนเดีย เกิดจากแบคทีเรียที่หายใจโดยใช้ออกซิเจน เข้าไปอาศัยอยู่ใน โปรคาริโอต คลอโรพลาสต์ เกิดจากไซยาโนแบคทีเรีย เข้าไปอาศัยในโปรคาริโอต
ข้อสนับสนุน Symbiotic theory ไม่มีเซลล์หรือโครงสร้างที่มีลักษณะกึ่งกลางระหว่างโปรคาริโอตและยูคาริโอต ยูคาริโอต มักพบสิ่งมีชีวิต เข้ามาอาศัยในเซลล์ เช่น ไซยาโนแบคทีเรีย เข้าไปอาศัยในอะมีบา ไดอะตอม โปรติสท์ ฟังไจ เป็นต้น 3. ไมโตคอนเดียและคลอโรพลาสต์ สามารถแบ่งตัวและเพิ่มจำนวนแบบ Binary fission เหมือนแบคทีเรีย