งานนำเสนอกำลังจะดาวน์โหลด โปรดรอ

งานนำเสนอกำลังจะดาวน์โหลด โปรดรอ

Capillary Zone Electrophoresis (CZE) Introduction.

งานนำเสนอที่คล้ายกัน


งานนำเสนอเรื่อง: "Capillary Zone Electrophoresis (CZE) Introduction."— ใบสำเนางานนำเสนอ:

1 Capillary Zone Electrophoresis (CZE) Introduction

2 Capillary Gel Electrophoresis (CGE) Introduction Replaceable Gel DNA separate by size

3 Sequencing Process Analysis Introduction repeat for 2 batch of 48 Denature Casting Plate Check Plate Check Pre-run Load Sample Load Sample Separate/ Detect Separate/ Detect Tracking Analyze Database Interaction Database Interaction Beckman Coulter CEQ TM 8000 Genetic Analysis System DenatureDetect Load Sample Analyze Database Interaction Database Interaction Facilitated By Capillary Electrophoresis Technology เดิม : ใช้วิธีเตรียมเจลโดย ใช้แผ่นกระจก

4 Advantages of CE in Genetic Analysis Introduction  ไม่ต้องใช้ Glass Plates  Separation gel เป็นแบบพร้อมใช้ (Linear polymer)  ใช้เวลาในการแยกน้อย  ทำการวิเคราะห์ได้อย่างรวดเร็ว  ประหยัด DNA samples  Dyes ที่ใช้มีความคงตัวสูง  ระบบการทำงานเป็นแบบ FULL AUTOMATION !

5 Systematic Layout 650nm laser 750nm laser Waste Gel Fill 8 Capillary-Array CEQ TM 8000 Detector

6 Instrument Automatic Process  Manifold Purging  Capillary Purging  Temperature Ramping  Sample Denaturation  Optical Alignment  Sample Injection  Sample Separation  Data analyzing CEQ TM 8000

7 Dye Chemistry Prone to Interference from biological materials NO Interference from biological materials 650nm laser 750nm laser  Specialized WellRed Dye  Excite in the red and near IR region of spectrum CEQ TM 8000

8 Optical Detection  2 diode lasers : 650 nm & 750 nm มีอายุการใช้งานยาวนาน > 10,000 hrs ค่าใช้จ่ายในการดูแลรักษาต่ำ ก่อให้เกิดความร้อนน้อย  Each laser excite 2 dyes : ลด ปัญหาการเหลื่อมซ้อนของสัญญาณและ เพิ่มความแม่นยำในการอ่านค่า  เลเซอร์แต่ละตัวรับประกัน 5 ปี  สามารถทำ Optical alignment ได้ โดยอัตโนมัติก่อนเริ่มการวิเคราะห์แต่ ละครั้ง CEQ TM 8000

9 Dye Absorbance/Emission Wavelength ddN Abs (nm)Em (nm) ddT (Cy5) ddG (DBCy5) ddC (Cy7) ddA (DBCy7) CEQ TM 8000

10  Sequencing De Novo Sequencing Confirmatory Sequencing  Fragment Analysis STR / VNTR / SSR / Microsatellite Analysis AFLP Analysis for Fast Genome Mapping Multiplex SNP Scoring Loss of Heterozygosity (LOH) / Microsatellite Instability Peak Ratio Calculation / Quantitation Applications CEQ TM 8000

11 Sequencing Applications on CEQ TM 8000 Applications CEQ TM 8000

12 Go to be separated into Capillary Electrophoresis Sanger Sequencing method Introduction ACC GTT A 3’-OH in normal DNA allows elongation. Dideoxynucleotide cannot be elongated. TGGCATA

13 Quality Values Sequencing

14 Poly T Poly A Results Poly CCA Repeats

15 Sequencing Results TG RepeatsTC Repeats GA Repeats Complicated Repeats Regions

16 Automatic Heterozygote Detection ===GTAGGTGGACAGATAACAGAAGC=== Sequence 1: ===GTAGGAGGACAGCTAAAAGAAGC=== Sequence 2: Sequencing

17 Fragment Analysis on CEQ TM 8000

18  Fragment Analysis STR / VNTR / Microsatellite Analysis AFLP Analysis for Fast Genome Mapping Multiplex SNP Scoring Loss of Heterozygosity (LOH) / Microsatellite Instability Peak Ratio Calculation / Quantitation Gene Expression Profiling Fragment Analysis Applications

19 STR (VNTR) – What Is It ? Fragment Analysis Minisatellites: bp repeats (Variable number tandem repeats -VNTR) Microsatellites: 2 – 7 bp repeats (Short Tandem Repeats – STR)

20 STR – How it Work Fragment Analysis Allele 1 - first chromosome Allele 2 - second chromosome CE PCR

21 AFLP Fragment Data Fragment Analysis

22 AFLP Fingerprinting Fragment Analysis

23 Manual Scoring vs CEQ 8000 Dominant Scoring Fragment Analysis Using AFLP Analysis in CEQ 5.0 Software Analyzed AFLP Sample Data Run CEQ AFLP Analysis Exportable Binary 1/0 Data < 2 minutes Estimated Time Needed to Analyze 100 Samples 40 Hours Manual Scoring Analyzed AFLP Sample Data Record Fragments for Each Sample on Microsoft Excel Spreadsheet Clustering of Fragments with the Same Sizes from All Samples Convert to Binary 1/0 Data

24 AFLP Applications Plant Molecular Genetics :  Breeding Variety Identification Germplasm Management Agronomically Important Traits Selection  Phylogeny & Diversity Study Evolution Geographic Orgins Animal Molecular Genetics :  Gene Mapping (with STR)  Diversity Microbial Genetics :  Population Genetic Analysis  Strain Typing  Epidemiological Study  Evolutionary Study  Taxonomy  Ecology Other Applications :  Differential Gene Expression  Functional Genomics Fragment Analysis


ดาวน์โหลด ppt Capillary Zone Electrophoresis (CZE) Introduction.

งานนำเสนอที่คล้ายกัน


Ads by Google